Moksliniai tyrimai klinikinėje psichologijoje yra susiję su rimtais etikos klausimais, dažnai tyrimo objektu yra padidinto pažeidžiamumo grupės – asmenys sergantys psichikos ligomis, esantys stacionare, išgyvenantys krizes. Etikos dilemų gali kilti ir atliekant poveikių metodų tyrimus (pvz.: taikant nepatvirtintus gydymo būdus, kurie potencialiai gali būti ne tik naudingi, bet ir žalingi pacientui). Čia pateikiami keli esminiai punktai, į kuriuos reikia atsižvelgti atliekant klinikinius tyrimus.

• Atsakingos institucijos leidimas atlikti tyrimą. Prieš pradedant atlikinėti tyrimą būtina gauti institucijos, kurioje tyrimas bus atliekamas, leidimą. Tyrimo planas turėtų būti apsvarstytas institucijos etikos komisijoje. Jei tyrimas yra susijęs su poveikio metodais, reikalingas biomedicinos etikos komisijos leidimas atlikti tyrimą.
• Informuotas tiriamųjų sutikimas. Visi tiriamieji turi būti informuoti apie tyrimo tikslą, taikomus metodus, konfidencialumą, duomenų naudojimo būdus ir galimus nepatogumus ar kitus dalykus, kurie gali lemti tiriamojo norą dalyvauti tyrime. Tik tuomet, kai tiriamasis yra pilnai susipažinęs su informacija apie tyrimą, jis duoda informuotą sutikimą dalyvauti tyrime. Jei tyrimas atliekamas su pažeidžiamomis grupėmis, vaikais ar tiriamasis nėra pajėgus pats įvertinti su tyrimu susijusios rizikos, sutikimą turi duoti tėvai, globėjai ar atsakinga institucija. Tačiau šiuo atveju reikalinga gauti bent žodinį sutikimą ir iš paties tiriamojo.
• Konfidencialumas. Renkant duomenys turi būti užtikrinamas jų konfidencialumas, informacija viešinama ir publikuojama tik apibendrinta, nepateikiami jokie duomenys, iš kurių būtų galima identifikuoti atskirus tyrimo dalyvius. Tyrėjas turi užtikrinti priminių duomenų saugumą ir pasibaigus tyrimui.
• Apgaulės naudojimas. Tam tikrais atvejais tyrėjas negali tiriamajam suteikti visos informacijos apie tyrimą, nes tai gali reikšmingai iškraipyti tyrimo rezultatus. Pavyzdžiui, tiriamas vaistų ir psichoterapijos efektyvumas. Tiriamieji atsitiktinai suskirstomi į penkias grupes: vaistų gr.; placebo grupė; psichoterapijos gr; vaistai+psichoterapija; placebo+psichoterapija. Šiuo atveju yra svarbu, kad tiriamasis nežinotų ar jis gauna vaistus ar placebą. Taigi tiriamasis prieš tyrimą turi būti informuotas, kad bus vaistų ir placebo grupės, tačiau informacijai, kuriai grupei jis priskirtas, nebus suteikta. Tiriamasis turi žinoti šias tyrimo sąlygas ir su jomis sutikti. Visais atvejais, kai naudojama apgaulė, tyrimo numatoma nauda turi būti didesnė, nei galima žala tiriamiesiems.
• Debriefing’as. Visais atvejais, kai buvo naudojama apgaulė, tiriamiesiems turi būti atskleista informacija apie apgaulės naudojimą ir tai padaryta kaip galima greičiau. Jei tiriamieji dalyvavo tyrime iki galo nežinodami jo tikslo, po debriefingo reikia gauti naują tiriamųjų sutikimą naudoti tyrimo duomenis.
• Užmokesčio už dalyvavimą tyrimuose problema. Jei už dalyvavimą tyrimuose mokama, reikia įsitikinti, jog piniginė motyvacija nenusveria realios tyrimo rizikos, kurią reikia su tiriamaisiais aptarti.
• Duomenų klastojimas ir autorystės prisiėmimas. Klinikinių tyrimų duomenų negalima klastoti. Skelbiant ar publikuojant tyrimo duomenis autorius gali prisiimti tik tokį indėlį, kokiu realiai prisidėjo prie tyrimo atlikimo ir publikacijos rengimo.
• Tyrimo duomenų ir informacijos prieinamumas kitiems tyrėjams. Tyrimo autorius turi būti pasirengęs pateikti pirminę tyrimo medžiagą ar duomenų masyvus kitiems tyrėjams ekspertams, jei jo išvadų pagrįstumu buvo suabejota. Tačiau reikia užtikrinti, kad nebūtų pažeistas konfidencialumas.